Kodakondsus- ja Migratsiooniamet (KMA) sai oma nimetuse 28. detsembril 1993, kui valitsus otsustas liita Siseministeeriumi alluvuses tööle hakanud Migratsiooniameti Kodakondsusametiga. Kogu KMA tegevusperioodi vältel oli ameti peamisteks tegevusvaldkondadeks Eesti elanikkonna määratlemine ja dokumenteerimine, kodakondsus-ja migratsiooniasjade korraldamine, illegaalse immigratsiooni ennetamine ja tõkestamine ning varjupaigaasjade korraldamine.

Eri aegadel on amet endale püstitanud prioriteetseid tegevussuundi. 90-ndatel, kui oli vaja elanikkond kiiresti määratleda ja dokumenteerida, oli selleks klienditeeninduse arendamine. Uuel aastatuhandel muutus prioriteediks sisejulgeoleku tagamine Eesti kodanike määratlemise ning välismaalaste migratsioonijärelevalve kaudu. Viimasel ajal on seoses Euroopa Liidu direktiivide rakendamise ja biomeetriliste turvaelementide arenguga esiplaanile tõusnud isikutuvastusega seotud problemaatika.

Alates juulist 2004 käivitus Eesti jaoks Euroopa ühtne automaatne sõrmejälgede tuvastamise ja võrdlemise süsteem EURODAC , mille abil registreeritakse varjupaigataotlejate ja ebaseaduslike immigrantide sõrmejäljed, et hõlbustada selle riigi kindlaksmääramist, kes vastutab varjupaigataotluse läbivaatamise eest. Amet edastab varjupaigataotlejate sõrmejäljed EURODACi kesküksusele salvestamiseks ja päringute tegemiseks. Samuti on Eesti kasutusele võtnud DubliNet infosüsteemi, mille kaudu edastatakse varjupaigataotlustega seotud päringuid, informatsiooni ja taotlejate andmeid. Hästitoimiva, kiire ja kvaliteetse varjupaigamenetluse rakendamiseks loodi 2006. aastal ameti ruumides varjupaigataotlejate registreerimiskeskus.

Et tagada Eestis ebaseaduslikult viibivate välismaalaste riigist lahkumine, arendati välja toimiv kinnipidamissüsteem, mille ühe osana loodi 2004. aastal väljasaatmiskeskus, mis võimaldab korraga kinni pidada 42 väljasaadetavat.

Klientide paremaks teavitamiseks moodustati ühtne kontaktkeskus, mis kandis nii üleriigilise infotelefoni kui ka e-posti teel klientide küsimustele vastava üksuse rolli.

Arvestades migratsiooni ja dokumendiarendustega seotud küsimuste rahvusvahelist tausta on amet pika aja jooksul osalenud nimetatud küsimustega tegelevates valitsustevahelistes ja valitsusvälistes rahvusvahelistes koostöövormides. Amet on võtnud osa Euroopa Nõukogude töögruppide tööst. Osaletakse aktiivselt Rahvusvahelise Migratsiooniorganisatsiooni (IOM) tegevuses ning tehakse tihedat koostööd Rahvusvahelise Migratsioonipoliitika Arenduskeskusega (ICMPD). Tihedad koostööalased sidemed on ka ÜRO Pagulaste Ülemkomissari Ametiga (UNHCR). Dokumendiarenduse valdkonnas osaletakse Rahvusvahelise Tsiviillennunduse Organisatsiooni (ICAO) töös, samuti ka mitmete valitusväliste töögruppide tegevuses.